Месторождения молибдена относятся к двум генетическим типам: гидротермальному и скарновому. Основная роль в добыче молибденовых руд в России принадлежит штокверковым молибденовым, медно-порфировым, скарновым и жильным месторождениям.
В развитых странах главное значение имеют штокверковые молибденовые и медно-порфировые месторождения. Месторождения штокверкового типа собственно молибденовых месторождений связаны с крупными плутонами умеренно кислых гранитоидов, со штоками и дайками порфировых пород. Месторождение формируется многостадийно в результате гидротермальной деятельности. Большую роль в размещении месторождений играют тектонические разломы.
Месторождения молибдена в Карабахе
Штокверковое оруденение охватывает верхние части плутона и зону экзоконтакта. Пример месторождения этого типа — крупнейшее в мире месторождение Клаймакс (США). Штокверковый тип медно-молибденовых месторождений также относится к гидротермальным образованиям умеренных глубин и связан с плутонами гранитоидов и дайками гранит-порфиров и др. Оруденение представлено системой кварцевых прожилков и тонкой вкрапленностью пирита, молибденита, халькопирита, борнита и др. Содержание в рудах Мо 0,1—0,1%, Cu 0,5—1%. Попутно из руд извлекается рений. В России к этому типу относят месторождения Кавказа (Каджаран, Агарак и др.), Казахстана (Шалгия и др.), Забайкалья (Жирекенское и др.).
Жильный тип гидротермальных месторождений молибдена представлен зонами грейзенов и кварцевыми жилами с молибденитом, вольфрамитом, пиритом, флюоритом и др. Пространственно месторождения связаны с апикальными частями массивов порфировидных гранитов и располагаются в их экзо- и эндоконтактных зонах. Протяженность и мощность жил незначительны. Содержание молибдена в рудах до 1%. Месторождения этого типа имеются в Казахстане (Восточный Коунрад), Забайкалье (Давенда) и др. и за рубежом— в Австралии и др.
Скарновые месторождения связаны с умеренно кислыми гранитоидами, прорывающими карбонатные толщи. Рудная минерализация находится непосредственно в контакте или на некотором удалении от него и ассоциирует с гранат-пироксеновыми скарнами. Скарны образуют сложные залежи, жилы, линзы, гнезда и пластообразные тела. Основные рудные минералы — шеелит (иногда молибдошеелит) и молибденит. По составу руд месторождения делятся на вольфрам-молибденитовые и медно-молибденитовые; в зависимости от этого в рудах встречаются различные минеральные ассоциации: молибденит, магнетит, пирит, шеелит, халькопирит. Содержание молибдена в рудах 0,05—0,2—0,3%. Руды комплексные: кроме молибдена и вольфрама присутствуют самородные висмут, медь, мышьяк, цинк и др. К этому типу в России относится месторождение Тырныауз (Кавказ), за рубежом — Азгур (Марокко), Пайн-Крик (США) и др.